MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 8801 plasmid pP880101

Total Repeats: 307

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011721	GGAA	2	8	5	12	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011721	CAA	2	6	17	22	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011721	A	6	6	37	42	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011721	CT	3	6	44	49	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_011721	AG	3	6	71	76	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011721	TA	3	6	94	99	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011721	CA	3	6	984	989	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_011721	ATTA	2	8	992	999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011721	GT	3	6	1069	1074	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011721	T	7	7	1112	1118	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011721	AATA	2	8	1135	1142	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011721	AGA	2	6	1188	1193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011721	TG	3	6	1642	1647	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011721	CTG	2	6	2765	2770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011721	TGA	2	6	2800	2805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011721	TAA	2	6	2868	2873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011721	AAG	2	6	5284	5289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011721	TTC	2	6	5310	5315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_011721	TC	3	6	7764	7769	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_011721	AGA	2	6	7786	7791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011721	CAA	2	6	7808	7813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_011721	TAACTT	2	12	7976	7987	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011721	GAGAA	2	10	7991	8000	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011721	ATC	2	6	8063	8068	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_011721	GAAAG	2	10	8112	8121	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011721	TAA	2	6	8147	8152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011721	T	6	6	8155	8160	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011721	T	6	6	8248	8253	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011721	TAGA	2	8	8351	8358	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011721	CTT	2	6	8380	8385	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_011721	GTT	2	6	8444	8449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011721	TTC	2	6	8478	8483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_011721	TAAAA	2	10	8512	8521	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011721	TTA	2	6	8535	8540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011721	A	6	6	8570	8575	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011721	ATG	2	6	8608	8613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011721	TCCA	2	8	8632	8639	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_011721	AAT	2	6	8642	8647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011721	GAG	2	6	8745	8750	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011721	TTA	2	6	8810	8815	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011721	TAGA	2	8	8846	8853	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011721	TTG	2	6	9299	9304	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011721	TC	3	6	9306	9311	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_011721	T	6	6	9419	9424	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011721	G	6	6	9438	9443	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011721	AAG	2	6	9458	9463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011721	TTAT	2	8	10226	10233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011721	GACT	2	8	10244	10251	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_011721	TCAG	2	8	10258	10265	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_011721	CT	3	6	10276	10281	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_011721	TAA	2	6	10282	10287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011721	TGATT	2	10	10316	10325	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011721	GTG	2	6	10330	10335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011721	TAG	2	6	10344	10349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011721	ATAAG	2	10	10355	10364	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011721	T	6	6	10387	10392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011721	G	6	6	10468	10473	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011721	AT	3	6	11523	11528	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011721	TAT	3	9	11526	11534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011721	TAAT	2	8	11547	11554	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011721	TG	3	6	11557	11562	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011721	TTAA	2	8	11609	11616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011721	ACT	2	6	11617	11622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_011721	A	6	6	12290	12295	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011721	A	6	6	13761	13766	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011721	TCTA	2	8	13801	13808	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_011721	TCA	2	6	13881	13886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_011721	TCA	3	9	13894	13902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_011721	TCG	2	6	15073	15078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_011721	T	6	6	15134	15139	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011721	ATA	2	6	15151	15156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011721	A	7	7	15161	15167	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011721	TAA	3	9	15206	15214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011721	TTA	2	6	15231	15236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011721	AAGTC	2	10	15257	15266	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_011721	GAG	2	6	15319	15324	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011721	TTAA	2	8	15757	15764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011721	GTT	2	6	15834	15839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011721	TAG	2	6	15843	15848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011721	GGT	2	6	15849	15854	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011721	GAT	2	6	15873	15878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011721	A	7	7	15882	15888	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011721	TAA	2	6	15912	15917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011721	TAA	2	6	15919	15924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011721	TAA	2	6	15926	15931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011721	ATA	2	6	15932	15937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011721	A	6	6	16631	16636	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011721	GAAT	2	8	17855	17862	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011721	TCT	2	6	17864	17869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_011721	CTG	2	6	18452	18457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_011721	TCA	2	6	18478	18483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_011721	ATA	2	6	20859	20864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011721	AAT	2	6	21244	21249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011721	ACAAA	2	10	21316	21325	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_011721	AAT	2	6	21344	21349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011721	A	6	6	21386	21391	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011721	A	6	6	21398	21403	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011721	TTG	2	6	21405	21410	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011721	ATCT	2	8	21488	21495	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_011721	CTG	2	6	21548	21553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_011721	ATTT	2	8	21598	21605	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011721	AGA	2	6	21666	21671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011721	CAT	2	6	21692	21697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_011721	AAC	2	6	21712	21717	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_011721	AAG	2	6	21726	21731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011721	CAA	2	6	21769	21774	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_011721	TAT	2	6	21796	21801	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011721	ATT	2	6	21827	21832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011721	ATTT	2	8	21876	21883	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011721	AGA	2	6	21923	21928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011721	GAA	2	6	22039	22044	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011721	GTA	2	6	22048	22053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011721	GAA	2	6	22060	22065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011721	CT	3	6	22106	22111	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_011721	TGA	2	6	22133	22138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011721	ATC	2	6	22250	22255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_011721	AGA	2	6	22271	22276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011721	GCATTC	2	12	22344	22355	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011721	TTG	2	6	22363	22368	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011721	TAT	2	6	22525	22530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011721	TTA	2	6	22560	22565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011721	TTCA	2	8	22596	22603	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_011721	GAA	2	6	22605	22610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011721	CAGA	2	8	22649	22656	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_011721	TTA	2	6	22665	22670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011721	TTA	2	6	22672	22677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011721	TTA	2	6	22686	22691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011721	AGG	2	6	22722	22727	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011721	AGC	2	6	22731	22736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_011721	CGTC	2	8	22740	22747	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_011721	GCT	2	6	22760	22765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011721	TCA	2	6	22810	22815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_011721	TGG	2	6	22829	22834	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011721	TC	3	6	22837	22842	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_011721	A	7	7	22872	22878	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011721	CAGA	2	8	22889	22896	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_011721	AG	3	6	23537	23542	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011721	AAC	2	6	23543	23548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_011721	TCTA	2	8	23996	24003	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_011721	TAA	2	6	24034	24039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011721	ATT	2	6	24202	24207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011721	TGGA	2	8	24210	24217	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011721	TCA	2	6	24235	24240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_011721	T	6	6	24274	24279	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011721	TAA	2	6	24309	24314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011721	TTTTA	2	10	24328	24337	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011721	GAA	2	6	24366	24371	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011721	AAC	2	6	24400	24405	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_011721	AAG	2	6	24464	24469	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011721	TCTA	2	8	24491	24498	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_011721	A	6	6	24596	24601	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011721	A	6	6	24689	24694	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_011721	TTA	2	6	24697	24702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_011721	TTCT	2	8	24722	24729	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
155	NC_011721	TGA	2	6	24780	24785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_011721	TCT	2	6	24852	24857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_011721	AAG	2	6	24859	24864	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011721	ACT	2	6	26164	26169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_011721	ACA	2	6	26215	26220	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_011721	ATTTT	2	10	26226	26235	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_011721	A	7	7	26811	26817	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_011721	TCT	2	6	26880	26885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_011721	AAC	2	6	26953	26958	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_011721	T	7	7	26971	26977	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_011721	AG	3	6	26988	26993	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NC_011721	GTA	2	6	27045	27050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_011721	AGTCG	2	10	29262	29271	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
169	NC_011721	ATAA	2	8	29352	29359	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_011721	A	6	6	30257	30262	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_011721	TCTA	2	8	30297	30304	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
175	NC_011721	TCA	2	6	30377	30382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_011721	ATA	2	6	31647	31652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_011721	TTA	2	6	31727	31732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_011721	TTG	2	6	31878	31883	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_011721	AGTCT	2	10	32060	32069	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_011721	ACC	2	6	32244	32249	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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195	NC_011721	ACCAGA	2	12	32387	32398	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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272	NC_011721	T	7	7	45704	45710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_011721	ATA	2	6	45815	45820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_011721	ATC	2	6	45895	45900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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276	NC_011721	TA	3	6	46003	46008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_011721	ACA	2	6	46057	46062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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279	NC_011721	TTC	2	6	46170	46175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
280	NC_011721	CAT	2	6	46182	46187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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282	NC_011721	ATC	2	6	46219	46224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_011721	AAT	2	6	46236	46241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_011721	A	6	6	47212	47217	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_011721	A	7	7	47251	47257	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_011721	TAA	2	6	47260	47265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_011721	TTCT	2	8	47266	47273	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
288	NC_011721	ACAA	2	8	47329	47336	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
289	NC_011721	GACT	2	8	47342	47349	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
290	NC_011721	GT	3	6	48316	48321	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
291	NC_011721	CTAT	2	8	48344	48351	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
292	NC_011721	CAA	2	6	48363	48368	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
293	NC_011721	TTA	2	6	48595	48600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_011721	TTAA	2	8	48642	48649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_011721	TTGA	2	8	48659	48666	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
296	NC_011721	TCA	2	6	49324	49329	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
297	NC_011721	GTT	2	6	49340	49345	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
298	NC_011721	AG	3	6	49457	49462	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
299	NC_011721	TCT	2	6	49786	49791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
300	NC_011721	TTC	2	6	50147	50152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
301	NC_011721	TTC	2	6	50173	50178	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
302	NC_011721	TTG	2	6	50182	50187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
303	NC_011721	T	7	7	50194	50200	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_011721	TTC	2	6	50516	50521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
305	NC_011721	TTC	2	6	50542	50547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
306	NC_011721	TTG	2	6	50551	50556	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
307	NC_011721	T	7	7	50563	50569	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.